創作やってて同じことで悩んだことあります。性格設定では「慎重で用心深い」キャラなのに、ストーリー的な都合で無茶な判断させちゃってる、みたいなやつです。

自分の場合、最初は「それもキャラの一面では？」と言い聞かせてたんですが、読み返すと違和感がぬぐえなかったんですよね。そこで意識的に、そのキャラが慎重だからこそ、その場面でどういう心理プロセスを経て判断するのか、逆算して考え始めたら状況が変わりました。

例えば、追い詰められた緊急時だからリスク承知で動く、とか、信頼してる人物からの強い勧めがあったから心を許す、とか、前の場面で徐々に信念が揺らいでるシーンを入れるとか。「なぜこのキャラはこう動いたのか」の理由付けを丁寧にすると、矛盾ってより「変化」や「葛藤」に見えるようになった気がします。

性格設定って本来は固い枠じゃなくて、判断基準みたいなものだと今は考えてます。その基準に従いながらも、状況や心情の変化でどう揺らぐか、その過程を見せられるかが大事な気がしてます。